Cheyenn Mountain, base de commandement du SG-C : le général Hammond cherche des volontaires pour une mission d'urgence : secourir les trois membres disparus du SG-1. Ces derniers sont retenus prisonniers par la ténébreuse Hathor, sur la planète Chulak. Hathor a réussi à créer une nouvelle race de Jaffa. Elle interroge le colonel O'Neill sur les secrets de leurs précédentes missions. Mais celui-ci refuse de parler...

   Des membres de la Tok'ra, dont Jacob, le père de Sam, arrivent à la base de commandement du SG-C. Ils traquent un dangereux Goa'uld, Setesh, dit « Seth ». Il s'agit de l'ancien dieu égyptien du chaos, incarnation du mal...

   Samantha Carter est promue major de l'armée de l'air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O'Neill disparaît brutalement, alors qu'il s'apprêtait à faire un discours. Il s'avère qu'il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards, où il rencontre Thor...

   Daniel découvre une tablette qui lui rappelle celle qu'il avait trouvée sur Argos. Il la ramène sur terre mais il est bientôt victime d'hallucinations cauchemardesques qui le rendent à moitié fou. Il semblerait que des parasites aient pris possession de son corps...

   Selon Daniel Jackson, les habitants de la planète Orbade forment l'une des sociétés les plus remarquables de la galaxie. Il ne leur a fallu que quelques décennies pour parvenir au même niveau technologique que les humains. Tout semble indiquer qu'ils feraient d'excellents alliés. Le colonel O'Neill rentre à la base du SG-C en compagnie de leur chef, Kalan, et de sa fille Meryn. Ils ont conclu un marché : chacun échangera ses connaissances avec l'autre. Le capitaine Carter pourra ainsi étudier le fameux réacteur Naquada. Meryn restera à la base le temps d'initier Samantha au fonctionnement de l'engin. Le Naquada est un métal extraterestre rare, très recherché par les Goa'uld, qui en font des armes redoutables...

   Un couple est arrêté dans une zone de haute sécurité du SG-C. La jeune femme prétend être le Dr Samantha Carter ; l'homme se présente sous le nom de Kawalsky. Ils affirment avoir franchi le miroir quantique que les forces du SG-1 ont verrouillé dans la zone 51...

   L'équipe du SG-1 visite une planète inconnue, qui semble avoir été épargnée par la civilisation goa'uld. Dans la forêt, le colonel O'Neill et ses compagnons sont menacés par un mystérieux chasseur de primes, qui affirme avoir neutralisé le dispositif de la Porte des étoiles, empêchant le SG-1 de rentrer...

   Dans un village médiéval, la SG-1 libère une jeune femme attachée à un pieu et apprend par le père Simon qu'elle était destinée à servir d'offrande au démon qui terrorise les villageois. Pour les punir, ce dernier exige que cinq humains soient sacrifiés...

   Le colonel O'Neill et ses compagnons sont les témoins des violents affrontement auxquels se livrent de jeunes soldats. Certains d'entre eux pourraient appartenir à l'équipe du SG-11, disparue depuis plus de 8 mois. En voulant leur porter secours, les quatre membres du SG-1 sont neutralisés par des armes paralysantes. A leur réveil, ils font la connaissance du capitaine Kyle Rogers, commandant en chef du Cadran A...

   L'équipe du SG-1 s'apprête à quitter PX8-873, où les quatre voyageurs ont libéré des esclaves asservis par les Goa'uld. Soudain, Daniel Jackson croit apercevoir la silhouette de sa femme, Sha're, portée disparue depuis de nombreuses années...

   L'équipe du SG-1 découvre un monde étrange, où les habitants sont victimes d'amnésie collective. Les enfants ont disparu de la planète. Samantha pense qu'il s'agit d'une amnésie post-traumatique...

   Trois membres de la Tok'ra arrivent au SG-C par la porte des étoiles. Ils sont porteurs d'une mauvaise nouvelle : Selmac, le père de Samantha Carter, est retenu prisonnier par le redoutable Sokar ,qui personnifie ce qu'on considère sur terre comme le diable. S'il est toujours vivant, il a été envoyé en enfer, c'est-à-dire sur Netu, une lune qui tourne en orbite autour de la planète où vit Sokar...

   O'Neill, Daniel Jackson et Samantha Carter sont retenus prisonniers sur Netu. Ils sont à la merci du dieu Apophis, qui les a enfermé dans la cellule où se trouve celui qu'ils recherchaient, Selmac, le père de Samantha. Apophis, qui veut connaître le code de la porte des Etoiles, tente de faire parler la jeune femme en menaçant, si elle persiste à se taire, de tuer son père. Pendant ce temps, à bord de son vaisseau, Teal'c tourne en orbite autour de Netu inquiet que les chasseurs d'Apophis ne décèlent sa présence...

   De retour de mission, l'équipe du SG-1 est cantonnée à l'infirmerie ; le général Hammond vient de lui apprendre qu'un produit chimique s'est répandu au niveau 23 du SG-C, et que la base a été isolée. Le colonel O'Neill, Daniel Jackson, Teal'c et Samantha Carter se voient administrer à leur insu un puissant sédatif...

   Narim, le chef des Tollan, arrive au SG-1, porteur d'un message d'une importance capitale. La justice de son pays souhaite la présence des quatre membre du SG-1, au sujet d'un de leurs vieux amis, Ska'ara. Daniel Jackson et ses compagnons sont stupéfaits d'apprendre que le jeune homme est toujours vivant...

   Le robot Explorer a été envoyé sur une planète inconnue, baptisée P4X84. Il renvoie des images d'un paradis vierge de toute civilisation. Samantha Carter suggère au commandant Hammond d'envoyer une équipe d'exploration pour étudier les conditions de vie sur place, dans le but d'y implanter une colonie...

   L'équipe du SG-1 visite Edora, une planète habitée par les descendants d'une peuplade amenée par les Goa-uld il y a plusieurs milliers d'années. Les chutes de météorites y sont fréquentes. Selon les estimations de Samantha Carter, Edora tourne en larges cercles autour d'un soleil...

   L'équipe du SG-1 a été chargée de revenir sur Tollana en vue d'établir des relations diplomatiques. Officieusement, le colonel O'Neill doit obtenir la permission d'utiliser la technologie des Tolla, peuple non-violent allié de la Terre. Mais ces derniers refusent de partager les secrets de leur technologie à des fins militaires. O'Neill est furieux et quitte Tollana non sans avoir dérobé un désactivateur d'armes qu'il compte faire analyser en laboratoire...

   L'équipe du SG-1 débarque sur une planète inconnue et est plutôt mal accueillie : ses habitants, des humains, refusent de croire qu'ils ont été emmenés en ces lieux en tant qu'esclaves par des aliens. Ils ignorent également qu'on puisse voyager de planète en planète par la Porte des Etoiles...

   Bra'tac revient sur terre pour demander de l'aide à l'équipe du SG-1 : la planète Chulak a été attaquée par Apophis à la recherche de l'enfant Harsesis parmi les habitants de Chulak, les Goa'ulp...

   L'équipe du SG-1 analyse les images retransmises par le robot Explorer, envoyé sur une planète inconnue où ont été érigées d'immenses pyramides. L'atmosphère y est respirable, mais aucune trace de vie n'a été détectée pour l'instant. A l'intérieur d'une pyramide, le robot détecte la présence d'un crâne de cristal, qui ressemble étrangement à celui trouvé en 1971 par le grand-père de Daniel, l'explorateur Nick Ballar...

   L'équipe de SG-1 a droit à quelques vacances, mais, juste avant son départ pour le Minnesota, le colonel O'Neill est enlevé par un rayon de téléportation de type Asgard. Il se retrouve à bord du vaisseau commandé par Thor...