Engagé par le Pentagone pour déchiffrer de mystérieux hiéroglyphes, le professeur Daniel Jackson n'est pas mort comme le croient les militaires. Il est resté sur la planète Abidos du dieu Rà dont il a découvert l'existence grâce à la Porte des Etoiles. Le colonel O'Neil, en a fait l'aveu au général Hammond après avoir été sorti de sa retraite à la campagne. Depuis un an, une bâche recouvre la « porte des étoiles » et des militaires en faction la surveillent négligemment en jouant au poker. Soudain, elle se « réactive ». Des extraterrestres à tête de serpent portant d'étranges armures égyptiennes, tuent quatre soldats et enlèvent le sergent... Une nouvelle mission s'organise autour du colonel O'Neil pour retrouver la trace de Jackson...

   Une nouvelle expédition par en mission afin de découvrir qui a réactivé la « porte des étoiles »...

   Un corps étranger s'est greffé sur le cerveau de Kawalsky qui doit subir une dangereuse opération pour s'en débarrasser. Il s'agit d'une créature étrangère à l'état de larve...

   Sur une planète où les femmes sont réduites à l'état d'objet, Samantha Carter doit se battre pour faire triompher l'amour et l'égalité..

   Après avoir séjourné sur une planète peuplée d'êtres primitifs, O'Neill et son équipe subissent d'inquiétantes métamorphoses...

   Partant à la recherche de l'équipe SG-9 mystérieusement disparue, O'Neill découvre son capitaine régnant en tyran sur la planète...

   Sur la planète P3 X 562, une créature mystérieuse neutralise le colonel O'Neill et se substitue à lui dans l'équipage...

   Prise au piège dans la lutte entre les peuples Fenri et les Goa'uld, l'équipe SG-1 découvre une nouvelle façon de résoudre ce type de conflits...

   A la suite d'un contact intime avec Kinthia, une habitante de la planète Argos, O'Neill se met à vieillir de dix années par jour....

   O'Neill et Teal'c, prisonniers d'un labyrinthe souterrain, doivent affronter Unas, une créature Goa'uld qui hante les lieux...

   En essayant de rejoindre l'homme qui avait franchi le passage intergalactique cinquante ans auparavant, l'équipe SG-1 se retrouve prisonnière dans ce passage...

   Teal'c demande à SG-1 de retourner sur Chulak pour empêcher son fils Ry'ac de devenir un jaffa, les esclave des Goa'ulds...

   O'Neill, Carter et Teal's rentrent de mission, mais sans Jackson, qu'ils ont vu mourir brûlé. Des brides de souvenirs leur reviennent, à tel point qu'ils ne savent plus si Daniel Jackson est vraiment mort... Ce dernier a , en fait, été enlevé par l'humanoïde Nem...

   Sous les traits de Hathor, déesse égyptienne de la sexualité, une créature Gou'ald séduit les hommes de la base Stargate...

   L'équipe SG-1 sauve Cassandra, une petite fille rescapée d'une épidémie qui a exterminé la planète P8 X 987. Or l'enfant est une véritable bombe à retardement, programmée pour détruire la Porte des Etoiles...

   Sur P3 X 1279, Teal's est condamné à mort par Hanno, le fils de l'homme qu'il a tué jadis sous le règne de Goa'uld Apophis..

   La base recueille des êtres d'apparence humaine, mais d'une intelligence supérieure, qui ont été forcés d'évacuer leur planète. L'équipage de Stargate tente de comprendre pourquoi, sur la planète Tollan, tout n'est devenu que désolation. Narim dévoilera-t-il le secret ?...

   A la suite d'une avarie, O'Neill et Carter s'échouent dans les profondeurs de la crevasse d'une planète inconnue...

   Sur PX3 989, O'Neill et son équipe découvrent qu'un curieux personnage, Harlan, parvient à implanter leur conscience sur des robots...

   Au cours de l'exploration d'un nouveau monde extraterrestre, Jaffa fait une angoissante découverte : un totem laissé par les Goa'ulds, à la suite de ce qui semble être une bataille dévastatrice...

   Malgré les menaces d'invasion Goa'uld sur la planète, le puissant sénateur Kinsey veut stopper le programme Stargate...

   Alors que le gouvernement prépare la mise en réserve du programme Stargate, O'Neill et son équipe effectue un dernier voyage face à l'invasion...