Clark affronte Bizarro, le dernier échappé de la Zone Fantôme, et les conséquences du combat provoquent la destruction du barrage, déversant un torrent d'eau qui se précipite sur les plaines. Alors qu'il vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, Lex se retrouve submergé sous l'eau dans une voiture de police mais est sauvé de la noyade par une mystérieuse jeune femme. Enfin, Loïs parvient à mettre Chloe en sécurité mais sa cousine est déclarée morte à son arrivée à l'hôpital.

   Clark et Loïs découvrent le vaisseau spatial de Kara, mais avant qu'ils ne puissent l'ouvrir la jeune femme apparaît et assomme Loïs. Clark est choqué quand elle lui dit qu'elle est là pour protéger Kal-El bébé. En dépit de l'arrivée de Kara, Clark, découragé, décide que sans Lana il n'y a rien qui le force à rester à Smallville et se rend à la Forteresse de Solitude pour commencer sa formation de super héros. Cependant, Jor-El lui apprend que le père de Kara, Zor-El, est mauvais et que Kara est dangereuse. Clark doit donc rester à Smallville afin de découvrir les raisons de sa venue sur Terre. De son côté, Lex fait une surprenante découverte concernant Lana et le projet 33.1.

   Kara veut absolument se faire des amis et s'intégrer sur Terre, mais Clark lui conseille de faire profil bas jusqu'à ce qu'elle contrôle ses pouvoirs. En dépit de ses avertissements, quand se présente l'occasion de participer à l'élection de "Miss Pop Corn", la jeune femme saute dessus et s'inscrit. Elle fait la connaissance de ses concurrentes : Tyler, Carly et Tempest, trois krypto-monstres qui projettent d'utiliser leurs dons afin de voler une carte au trésor cachée dans la capsule temporelle de Smallville. Après que Tyler ait vu Kara utiliser ses pouvoirs, les filles feignent d'être ses amies mais veulent en fait l'utiliser. Et pendant que l'agent Carter de la NSA mène l'enquête sur Kara, Lex, sorti de prison, l'identifie comme sa sauveuse. Enfin, Lana est de retour au pays.

   Chloe apprend qu'un médecin, le docteur Curtis Knox, a traité des personnes infectées par les météorites et leur a enlevé leurs pouvoirs. Souhaitant elle-même se débarrasser de son don, elle prend rendez-vous pour le rencontrer, ignorant que le docteur Knox a un plan maléfique pour tuer ses patients et prélever leurs organes. Parallèlement, Kara consulte Jimmy pour l'aider à localiser son cristal et désobéi ainsi à Clark qui lui avait ordonné de rester à la ferme après qu'elle ait découvert les environs. Enfin, Lana surveille secrètement Lex.

   Les habitants de Smallville frémissent quand "Warrior Angel", un film basé sur le comic, commence à être tourné en ville. Cependant, lorsque l'actrice principale, Rachel Davenport, prend sa voiture mais ne parvient plus à la contrôler car elle a les freins coupés, Clark doit intervenir pour stopper le véhicule. Malheureusement, un fan obsédé est témoin de cette scène héroïque et décide que Clark est un vrai super héros, dont la petite amie Lana doit être éliminée pour qu'il puisse accomplir son destin. Parallèlement, Lex découvre Lionel à la cabine.

   Clark apprend que Kara est à Washington à la recherche du cristal. La jeune femme est capturée, après avoir pénétré dans un laboratoire, puis reçoit un sérum de vérité à base de kryptonite. Le produit lui fait revivre son voyage antérieur vers la Terre quand elle suivait la mère biologique de Clark, Lara, à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passé la machine aux rayons thermiques, est également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.

   Lors d'un orage, de la kryptonite et une haute tension électrique se mélangent, permettant ainsi à Lana d'absorber les pouvoirs de Clark. Grâce à ses nouveaux dons, elle s'introduit chez Lex et vole des preuves l'incriminant qu'elle donne ensuite à Loïs et Grant, exigeant qu'ils écrivent un article dévoilant les secrets de Lex. Lorsque Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper personnellement de Lex. Clark tente de l'arrêter et une super bataille s'engage alors entre eux.

   Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide à travers le cristal de Kara et décide de la libérer, malgré les avertissements de Jor-El. Lara et son fils sont réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, qui contient de la kryptonite bleue. Lorsqu'il la met, Clark réalise que Zor-El a manigancé toute cette affaire et que la kryptonite bleue lui a ôté tous ses pouvoirs. Débarrassé du jeune homme, Zor-El prend le contrôle de la Forteresse de Solitude. Pendant ce temps, Lex et Chloe découvrent que Loïs et Grant ont entamé une relation et leur demande d'y mettre un terme.

   Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara est partie. Il propose également à la jeune femme qu'ils fassent équipe pour faire tomber Lex et elle accepte, lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.

   Alors que Clark est toujours congelé dans la Forteresse, Bizarro vit sa vie aux côtés de Lana. Ignorant qui elle fréquente réellement, la jeune femme profite du "nouveau Clark" et partage avec lui les informations qu'elle a recueillies sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac et Bizarro se lance à sa recherche. Pendant ce temps, Lex est stupéfait par la réaction de Lionel quand Grant révèle qu'il est un clone de Julian.

   Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un projet secret de Lex mais est attaquée par Black Canary, une mystèrieuse femme dotée d'un cri supersonique. Dinah Lance, l'alter ego de Black Canary, est présentatrice d'un talk-show conservateur qui travaille avec le Daily Planet et la jeune femme déteste Loïs. Lorsque Lex la convainc que l'Archer Vert et son équipe sont des terroristes, Black Canary s'en prend à Oliver et Clark. Pendant ce temps, Loïs découvre le secret d'Oliver.

   Loïs suit Lex à Detroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui est amnésique. Finley, un garçon obsédé par la jeune fille, craint que Lex l'emmène avec lui. Il tire alors sur le millionnaire et retient Chloe et Kara captives. Après que le corps comateux de Lex ait été retrouvé, Chloe propose de le guérir en se servant de son don mais Clark refuse de la laisser faire.

   Kara et Jimmy assistent à un concert du groupe "One Republic" et l'un des machinistes s'avère être l'ancien résident de Smallville Pete Ross. Pete mâche sans le savoir un chewing-gum à la kryptonite et développe de supers pouvoirs. Clark et Chloe sont ravis de retrouver leur ancien ami mais le mettent en garde contre l'utilisation de ses pouvoirs en public. Toutefois, Lex découvre le pouvoir de Pete et le fait chanter en pénétrant dans un des lieux sécurisés de Lionel et en menaçant de révéler que Chloe est un kryptomonstre.

   Lionel s'arrange pour faire enlever Clark et le retenir dans une cellule de kryptonite à la Luthorcorp. Lorsque Chloe et Lana trouvent une sonde militaire électrique à la ferme, elles confrontent Lionel. Ce dernier rejette leurs suspicions sur Lex. Chloe et Lana emmènent Kara à la Forteresse et supplient Jor-El de lui redonner sa mémoire car elle est la seule qui puisse sauver Clark.

   Kara décide d'apprendre à Clark comment voler dans le but de renforcer ses chances contre Brainiac. Cependant, ce dernier semble dominer les supers cousins et certaines personnes proches de Clark sont prises entre deux feux.

   Le secret de Veritas conduit Lex dans une direction dangereuse qui l'opposera définitivement à Clark. Il y a une grande lutte de pouvoir et un personnage meurt.

   Clark recherche désespérément Kara et Brainiac car ce dernier est le seul qui puisse inverser la situation de Lana. Lorsque le jeune homme demande à Chloe de vérifier les sources de puissance dans la région, elle pirate les ordinateurs du gouvernement et déclenche des alarmes. Jimmy se retrouve alors coincé entre le département de la sécurité, qui le menace de le jeter en prison s'il ne coopère pas à l'arrestation de Chloe, et Lex, qui lui propose de blanchir Chloe s'il accepte de passer un accord avec lui.

   Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton dans le passé qui indiquent que Brainiac veut tuer bébé Kal-El afin que Clark n'existe pas dans le futur. Le jeune homme est torturé car il pense que le monde se porterait mieux s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El se charge alors de lui montrer ce que la vie aurait été s'il n'avait pas existé. Lex serait président des États-Unis, Kara aurait été élevée par les Luthors, Jonathan serait en vie, Lana serait heureuse en mariage et Chloe et Loïs seraient reporters.

   Lex est attaqué par un inconnu masqué qui grave un symbole kryptonien sur son torse, un message pour Clark. Chloe et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du projet Veritas a survécu et qu'il se cache dans une église. Clark et Lex commencent une course infernale pour être le premier à trouver ce mystérieux membre, qui détient la clé de la survie de Clark.

   Kara dit à Lex qu'il est destiné à défié le "Voyageur" et lui propose de l'emmener à la Forteresse pour lui montrer comment y parvenir. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara mais il est révélé que Brainiac a usurpé son identité et que la jeune fille est en fait coincée dans la Zone Fantôme. Chloe est arrêté par le Département de la sécurité intérieure et Lana se réveille de son coma. Pendant ce temps, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la Forteresse et Lex apprend le secret de Clark.