Projeté dans la Zone Fantôme, une prison kryptonienne crée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels revanchards exilés par son père. Parallèlement, après avoir pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive afin qu'elle lui donne un héritier et entreprend de transformer la Terre en une nouvelle planète Krypton en utilisant les données contenues dans le vaisseau spatial. Après que l'avion de Loïs et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-EL explique à Martha comment tuer Zod. Au Daily Planet, Chloe retrouve une vieille connaissance, Jimmy Olsen.

   Clark travaille dur pour réparer les dégâts causés par Zod et développe ce qu'il pense être son premier rhume. Cependant, il découvre bientôt qu'il s'agit d'un nouveau pouvoir : le super-souffle. Loïs obtient un travail à l'Inquisiteur, le journal local, tandis que Lana emménage chez Lex. Ce dernier pense que quelqu'un le suit, ce qui s'avère être exact lorsqu'il se fait enlever.

   Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causés quand il était Zod, Lex organise un bal masqué de charité pour la ville et engage les All-American Rejects pour jouer. Parallèlement, Clark et Chloe poursuivent une créature qui utilise des corps d'hommes pour procréer. La chasse s'intensifie lorsque la créature capture Jimmy Olsen. Loïs accepte à contrecoeur d'être la cavalière d'Oliver Queen au bal de Lex.

   Alors qu'elle s'occupe d'une collecte de fonds, Loïs surprend L'archer vert en train de voler un collier de diamants appartenant à Martha et veut découvrir qui se cache derrière ce costume. Clark mène sa propre enquête et apprend qu'Oliver Queen est en fait L'archer vert et qu'il vole aux riches pour donner aux pauvres. Parallèlement, Lex demande de l'aide à Lionel pour tester la loyauté de Lana.

   Lorsqu'ils étaient adolescents, Lex et Oliver fréquentaient la même école, où Oliver et sa bande s'en prenaient à Lex et son ami Duncan. Afin de rentrer dans leur groupe, Lex a repoussé Duncan, incitant celui-ci à se jeter du toit. Lex et Oliver retournent à l'école pour une réunion des anciens élèves et sont horrifiés de découvrir que les anciens amis d'Oliver sont tués les uns après les autres dans des accidents violents et mystérieux qui semblent incriminer Duncan. Parallèlement, Clark étudie des photos satellites qui montrent que quatre autres cratères ont été créés le jour où il s'est échappée de la Zone Fantôme, lui faisant penser que d'autres prisonniers ont pu le suivre.

   Clark est ravi quand il apprend que Raya est parvenue à s'échapper de la Zone Fantôme et qu'elle est à Smallville pour le voir. Les deux jeunes gens se rapprochent et Raya montre à Clark comment restaurer le pouvoir de la Forteresse de solitude. Cependant, Baern, un tueur qui s'est également échappé de la Zone Fantôme, s'en prend à eux pour se venger d'avoir été emprisonné.

   Clark découvre que L'archer vert s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Cependant, lorsque que ce dernier commence à agir bizarrement, Clark et Chloe enquêtent et découvrent qu'il prend une super-drogue qui permet à son corps de guérir rapidement, mais qui a également de très graves effets secondaires. Pendant ce temps, Lana fait une surprenante découverte qui pourrait avoir des conséquences sur sa relation avec Lex.

   Clark apprend qu'un des échappés de la Zône Fantôme a débarqué à Seattle et a abattu l'équipage entier d'un bateau en construction. Lors de ses investigations, il tombe nez à nez avec un horrible fantôme qui aspire les os des gens. Parallèlement, un patient ayant la capacité de se transformer en différentes fréquences s'échappe du laboratoire expérimental secret de la LuthorCorp et cherche à se venger de Lex en l'emprisonnant dans une autre dimension où il peut voir et entendre tout le monde mais où personne ne peut le voir.

   Clark est choqué de découvrir que son voisin, Jed McNally, retient captif des travailleurs immigrés et les force à travailler dans sa ferme. Se sentant coupable puisqu'il se considère lui-même comme l'ultime immigrant illégal, il demande de l'aide à Martha pour permettre à un jeune garçon et sa mère de rester dans le pays.

   Après que Lana ait avoué à Chloe qu'elle émettait des réserves sur le fait de se marier avec Lex, notamment à cause des sentiments qu'elle a longtemps éprouvé pour Clark, une chroniqueuse du Daily Planet, Linda Lake, répand cette conversation dans les moindres détails. Déterminée à prouver qu'elle n'a pas donné d'information à Lake, Chloe enquête sur sa collègue et découvre que non seulement elle a la capacité de se transformer en eau mais qu'en plus elle utilise ce pouvoir pour écouter les conversations afin de s'en servir pour sa rubrique. Parallèlement, Loïs commence à suspecter Oliver d'être L'archer vert et enrôle Clark pour l'aider à le prouver.

   L'archer vert demande des renforts et Bart Allen, alias Flash, Aquaman et Cyborg reviennent à Smallville pour l'aider à détruire un laboratoire secret de la LuthorCorp. Lors de l'attaque de l'usine, Bart est capturé et torturé par Lex. Clark tente de le sauver mais il est affaibli par une météorite. Une Chloe alarmée se rend alors chez Oliver pour lui demander de l'aide et la toute jeune Justice League entre en action pour sauver Clark et Bart.

   Clark est attaqué et se réveille dans un asile d'aliénés où l'attend un physicien, le docteur Hudson, qui lui explique qu'il se trouve ici depuis cinq et qu'il est soigné pour des hallucinations qui lui font croire qu'il possède de supers pouvoirs. Dans ce nouveau monde, Martha est mariée à Lionel Luthor, Chloe est considérée comme folle et Lana a choisi Clark à la place de Lex. La jeune femme supplie d'ailleurs Clark de suivre le traitement du docteur Hudson afin qu'ils puissent être ensemble. Mais, quand un patient appelé John Jones, alias Martian Manhunter, lui dit que le bon docteur n'est en fait qu'un fantôme et qu'il doit le tuer pour retourner à la réalité, Clark doit prendre la décision la plus difficile de sa vie.

   Lorsque Loïs essaye un nouveau rouge à lèvres fait à base de kryptonite rouge, elle devient attirée par Clark et passe à l'action. Les deux jeunes gens échangent un baiser, transférant ainsi la kryptonite rouge sur Clark, qui voit ses inhibitions disparaître immédiatement pour faire ressortir son côté mauvais garçon. Contaminé, il décide de ruiner le dîner de fiançailles de Lex et Lana, et enlève la future mariée.

   Après avoir reçu une photo d'elle-même s'habillant dans sa chambre, Lana réalise qu'elle est épiée et décide de se cacher dans un endroit surprenant. Pendant ce temps, Jimmy rompt avec Chloe car il pense qu'elle n'a pas oublié Clark. La jeune femme doit alors faire le point sur ses sentiments pour son meilleur ami.

   Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorites et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est employé par Lex pour localiser les personnes ayant des dons dans le but de les utiliser comme cobayes. Lana découvre également le pouvoir de Tobias et craint qu'il ne mette Clark sur sa liste des personnes infectées. Pour éviter cela, elle décide de lui offrir une greffe de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

   Le jour de son mariage, Lex reçoit un appel du docteur Langston qui menace de tout dire à Lana au sujet de son bébé. La jeune femme hésite à se marier avec Lex et Clark, qui réalise qu'il ne peut pas la laisser faire ça, décide de lui avouer son secret. Cependant, personne n'est préparé à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

   Clark et Chloe découvrent que Titan, un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite distribués sur internet. Loïs renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et contrainte de participer aux combats, avec Athena comme première adversaire. Clark veut utiliser ses pouvoirs pour combattre Titan mais il est stupéfait quand Loïs arrive sur le ring à sa place.

   Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites. Il développe alors une drogue pour la sortir de son asile, dans lequel elle se trouve dans un état catatonique, et menace de tuer sa fille si elle n'utilise pas son don pour l'aider. Clark aide Chloe à s'introduire dans l'asile pour sauver Moira et il fait enfin la connaissance de celle-ci.

   Après que Jodi, la femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est grièvement blessé et son fils pris en otage par l'épouse en colère. Elle clame que Lex a kidnappé son mari disparu et menace de faire sauter le laboratoire s'il ne lui révèle pas où se trouve son époux. Clark décide de sauver Lex mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Les deux hommes réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

   Après un rendez vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie des photos de la scène, Jimmy est assommé et rêve d'une version des années 40 de Smallville dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son mari homme d'affaires, Lex, tandis que Clark travaille au Daily Planet comme reporter et que Loïs est chanteuse dans un des bars de lionel. Parallèlement, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex.

   Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire qui est censé être mort au combat en Afghanistan, en "super soldat" en lui injectant de l'ADN provenant de plusieurs personnes exposées aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur peu scrupuleux menace de révéler l'existence de ses laboratoires secrets, Lex envoie Wes pour tuer le sénateur, mais Loïs est témoin de l'attaque et devient la prochaine cible du super soldat. Pendant ce temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

   Quand Clark découvre que Lionel a menacé de le tuer si Lana n'épousait pas Lex, il court après lui pour le faire taire une bonne fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à stopper Lex, qui tente de retrouver le dernier échappé de la Zone Fantôme afin d'utiliser son ADN pour accroître la puissance de ses supers soldats. Parallèlement, Loïs se rend à "Reeves Dam" pour rechercher des informations sur le laboratoire secret de Lex mais est brutalement poignardée par un garde de sécurité. Enfin, le pouvoir secret de Chloe est révélé.