Ayant été transporté dans la Forteresse de Solitude, Clark est confronté à Jor-El qui lui dit qu'il ne peut pas retourner à Smallville, mais qu’il doit rester là où il est et se préparer à sauver la planète. Egalement transportée dans la Forteresse, Chloe est incapable de faire face au froid et s'effondre, demandant à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour la sauver. Jor-El interdit à Clark de partir, mais acquiesce au final, lui disant qu'il doit revenir avant le coucher du soleil sinon il y aura des conséquences. Pendant ce temps, Lana est horrifiée lorsqu'elle voit deux kryptoniens émerger d'un vaisseau spatial découvert dans les restes de la chute de météorites. Les deux extra-terrestres détruisent ce qu'il reste de Smallville pour rechercher Kal-El.

   Jor-El prive Clark de ses pouvoirs, faisant de lui un humain. Ravi d'être finalement "normal", Clark poursuit sa relation avec Lana. Cependant après que Lana, Jonathan et Martha soient prit en otage par trois gangsters, Clark doit trouver une solution pour sauver sa famille sans ses super pouvoirs.

   Chloe est avertie par Gabriel qu'il va déclencher un missile et ainsi détruire Smallville. Toujours privé de ses pouvoirs, Clark s’oppose à Gabriel et finit par être blessé par balle. A l'hôpital, son électrocardiogramme est plat et son destin est placé entre les mains de Jor-El. Pendant ce temps, Lex croit que Lionel a la clef pour ouvrir le vaisseau spatial.

   Une fête organisée à Crater Lake prend un tournant dramatique quand Loïs se cogne la tête en sautant dans le lac. Avant que Clark ait pu la sauver, un mystérieux nageur, Aquaman, alias AC, vient à sa rescousse, devançant Clark qui reste perplexe. Le professeur Fine dit à Clark que Lex est derrière une opération secrète de fabrication d'armes. AC tente de s’introduire dans le Centre Marin de la Luthorcorp afin de détruire un des torpilles de Lex mais il est capturé par celui-ci.

   Lana décide de s'inscrire à l'université de Métropolis à la dernière minute et est forcée de rejoindre une confrérie afin de trouver un logement si tard. Cependant, ses nouvelles "soeurs" lui offrent davantage qu'un endroit pour se loger car après l’avoir transformée en vampire elles lui ordonnent de tuer Clark. Pendant ce temps, Chloe se présente au Daily Planet pour une place mais il s'avère que la formidable rédactrice en chef est très sévère.

   Clark et Jonathan sont stupéfaits quand le sénateur Jack Jennings, un vieil ami de Jonathan, débarque à la ferme pour rechercher du soutien pour sa campagne de réélection. Cependant, après qu'une jeune fille prénommée Melissa soit découverte morte, on apprend qu'elle était stripteaseuse et qu'elle était la maîtresse de Jennings, faisant de lui le suspect principal. Recherchant des réponses, Chloe convainc Loïs de se faire passer pour une stripteaseuse mais les choses tournent mal quand Loïs est kidnappée par le fils d’un diplomate qui prévoit de la vendre comme esclave.

   Clark est exposé à la kryptonite argentée, le faisant avoir des hallucinations paranoïaques. La kryptonite argentée l'incite à croire que Chloe va dévoiler son secret, que Jonathan complote contre lui avec Lionel et Lex et que Lana aurait une liaison secrète. Chloe et les Kent recherchent désespérément un traitement, mais c'est le professeur Fine qui vient en aide à Clark, bien que cela ne soit pas désintéressé.

   Quand Martha contracte une maladie étrange et qu'il ne lui reste plus que quelques heures à vivre, Clark se tourne vers le professeur Fine, qui le convainc que Jor-El est le responsable de la maladie de sa mère et que la seule manière de la sauver est de détruire la Forteresse de solitude. Cependant, une fois sur place le professeur Fine essaye de libérer Zod et de tuer Clark.

   Lex se fait tirer dessus et tombe dans le coma. Il rêve que sa mère lui rend visite et lui montre la vie qu’il pourrait mener s'il s’éloignait de son père et de la LuthorCorp. Dans cette vie alternative, Lex est heureux en mariage avec Lana qui est enceinte. Pendant ce temps, Chloe demande à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour distribuer des cadeaux de noël aux enfants nécessiteux.

   Jonathan reçoit des menaces de mort anonymes qui l'invitent à laisser tomber les élections sénatoriales. Après avoir trouvé son père battu et en sang, Clark est bien déterminé a trouver le coupable. Il finit par découvrir qu’un groupe de partisans de Lex est prêt à tout pour voir gagner le fils Luthor. La vie de Loïs est menacée quand elle est capturée et obligée d’assassiner Jonathan pendant son discours. De son côté, Lionel propose de donner de l'argent à Martha pour soutenir la campagne de son mari. Enfin, Lana est convaincue que les réponses qu’elle recherche se trouvent dans la première pluie de météorites.

   Les deux officiers de police qui ont été témoins du crash du vaisseau spatial lors de la pluie de météorites prennent Lex et Lana en otage. Ils menacent de les tuer si Lex ne leur indique pas où il a caché le vaisseau. En essayant de s’échapper, il prend une balle qui était destinée à Lana. Craignant qu’il ne se vide de son sang, la jeune fille lui demande de révéler aux officiers la cachette de l'engin mais Lex lui apprend qu’il a disparu depuis plusieurs semaines. Pendant ce temps, Clark découvre que Lana a effectué des recherches sur le vaisseau spatial et il craint qu’elle soit sur le point de découvrir son secret.

   Dans le 100ème épisode de la série, Clark révèle son secret à Lana, Jonathan et Lex apprennent les résultats des élections sénatoriales et il y a un tragique accident de voiture qui prend la vie de quelqu'un que Clark aime. Le jeune homme, désespéré, demande de l'aide à Jor-El.

   Clark découvre que la nouvelle journaliste du Daily Planet, une jeune femme à lunettes maladroite prénommée Maya, est en fait une justicière masquée qui combat le crime la nuit. Parallèlement, Clark, qui fait tout pour contenir son chagrin, risque de perdre le meilleur de lui-même.

   L’esprit d’une jeune fille est libéré après que Loïs ait trouvé un corps dans les murs du Talon. Clark et Loïs doivent retrouver la trace de cet esprit pour chercher son meurtrier qui pourchasse les jeunes filles de Smallville depuis 10 ans. Quand Loïs est soudainement kidnappée, Clark lui vient en aide.

   Un docteur compatissant libère un homme mi-humain mi-machine répondant au nom de Victor qui était retenu prisonnier par la LuthorCorp qui faisait des expérimentations sur lui. Lors de son évasion, Victor est renversé par la voiture de Lana. Lorsque celle-ci s'aperçoit qu'il repart sans une égratignure, elle appelle Clark pour enquêter. Clark devient ami avec Victor et lui promet de l'aider à retrouver sa petite amie, mais Lex piège Victor et le ramène à la LuthorCorp.

   Lex découvre que le professeur Fine, alias Brainiac, est en Honduras et il s’y rend pour le confronter. De son côté, Clark rencontre une très belle séductrice prénommée Simone qui utilise un charme magique incitant les gens à exécuter chacun de ses souhaits. Clark, ensorcelé, révèle ses pouvoirs à Simone qui saisit cette occasion et exige de lui qu’il tue Lex.

   Encore déboussolée par sa rupture avec Clark, Lana expérimente un dangereux sérum qui lui permet de revoir ses parents décédés. Clark, inquiet, se précipite pour la sauver avant qu'elle ne se détruise mais un docteur malhonnête lui injecte le sérum à base de kryptonite. Lorsque le coeur de Clark cesse de battre, il parvient à parler à Jonathan qui l’avertit que Lionel connaît son secret. De son côté, celui-ci continue de se rapprocher de Martha.

   Clark et Martha prennent en charge une petite fille, Maddie, lorsque sa mère adoptive meurt brutalement après avoir été poignardée. Cependant, lorsqu'on découvre que Maddie a le pouvoir de briser le verre, elle devient la principale suspecte. Parallèlement, Chloe surprend Lex et Lana durant un moment intime.

   Un tortionnaire masqué prend Lionel en otage et orchestre une série de jeux raffinés que Lionel doit gagner s'il veut rester vivant. Cependant, quand Clark apprend à Martha que Lionel connaît son secret, elle décide de lui faire face, mais devient par inadvertance un pion dans le jeu du tortionnaire et se voit obligée de se battre pour sa vie.

   A Metropolis, Clark sauve la vie d'un étranger appelé Graham. Celui-ci veut absolument récompenser Clark pour sa bonté. Malheureusement, Graham s'avère justement être un tueur à gages qui a l'art de la dissimulation, et il pense que tuer Lex serait la meilleure chose qu'il pourrait faire pour Clark. Parallèlement, celui-ci confronte Lana au sujet de sa relation avec Lex.

   Clark est surpris quand il voit le fantôme de son père au cimetière, mais il l'est encore plus quand Jonathan lui dit qu'il doit tuer Lionel. Pendant ce temps, Lex développe un vaccin pour le virus mortel du professeur Fine, mais ce dernier intervient et lui injecte le produit, causant une surprenante réaction sur Lex.

   Brainiac répand un virus mortel qui pourrait tuer des millions de personnes, et refuse de donner à Clark le vaccin s'il ne libère pas le Général Zod. Clark se tourne vers Lionel, qui une fois de plus contacte Jor-El. De son côté, Lex est impressionné par ses pouvoirs récemment découverts et il en parle à Lana, qui décide de rester près de lui, inconsciente du tournant que va prendre la vie de Lex suite aux machinations démoniaques de Brainiac.