Douze ans après son arrivée sur Terre, le jour de la pluie de météorites, Clark Kent est devenu un adolescent hors du commun, possédant des dons spéciaux. Il a le béguin pour la jolie Lana et collabore au journal du lycée avec ses amis Pete et Chloe. Mais Clark ne tarde pas à se faire un nouvel ami en la personne de Lex Luthor lorsqu'il sauve ce dernier d'un accident qui aurait pu lui être fatal.

   Un des élèves du lycée, Greg Arkin, a développé une véritable obsession envers Lana. Il la suit et la filme à son insu. Lorsque sa mère découvre ses activités et le menace de l'envoyer en pension, il n'a d'autre choix que de se débarasser des insectes qu'il collectionne. Malheureusement, ces derniers sont infectés par les météorites et ils attaquent Greg qui devient incontrôlable. Il tue sa mère et décide de faire de Lana sa femelle. Clark doit intervenir alors qu'il est en pleine recherches sur ses origines.

   Clark souhaite jouer dans l'équipe de football du lycée, contre l'avis de Jonathan. En intégrant l'équipe, il remarque que l'entraîneur a un comportement étrange. Lors d'une séance de sauna, il est irradié par de la météorite et acquiert dès lors la capacité de contrôler le feu. Clark et Chloe qui ont découverts son secret se font enfermés dans le lycée. Par ailleurs, Lex se confronte à son père quand celui-ci annonce ses projets pour l'entreprise.

   Lex est accusé d'avoir cambriolé la banque de Smallville. Victime de terribles migraines, Clark découvre qu'il a la faculté de voir au travers des choses et des personnes. En essayant son nouveau pouvoir, il se rend compte que ce n'est pas son ami milliardaire qui a commis le méfait dont on l'accuse mais qu'il s'agit en fait d'une étudiante, Tina Greer, qui après avoir été guérie par des morceaux de météorites a obtenu le don de prendre l'apparence de n'importe qui et de commettre des larcins. Son but à terme est de tuer Lana, qu'elle idôlatre. Cette dernière apprend que sa tante ne lui a pas dit toute la vérité sur ses parents tandis que le passé de Lex est en train de le rattraper.

   Lors d'une soirée dans les bois, Sean, un joueur de football, drague Chloé qui accepte de lui donner son numéro de téléphone. En voulant récupérer un ballon, l'adolescent marche sur le lac gelé, brise la glace et s'enfonce dans l'eau glacée constellée de météorites. Désormais constamment gelé, il ne peut retrouver sa température normale qu'en absorbant l'énergie des personnes qu'il touche. Lex prend de plus en plus à coeur son rôle de grand frère et pousse Clark à donner rendez-vous à Lana. Celle-ci accepte, mais le jeune homme doit s'éclipser au beau milieu de la soirée pour aller sauver Chloé qui avait rendez-vous avec Sean.

   Lana et Clark font du bénévolat dans une maison de retraite en passant du temps avec les personnes âgées. Lana est en charge de Harry, un vieil homme en chaise roulante. Seul, pour fumer une cigarette en cachette, il tombe dans un étang infestée de kryptonite. Il en ressort rajeuni de cinquante ans et décide de profiter de cette occasion pour se venger d'une vieille histoire. De son côté, Clark s'occupe de Cassandra, une dame aveugle qui a le don de prédire le futur.

   Jodi, une lycéenne qui souffre d'avoir quelques rondeurs commence un régime draconien en ne se nourrissant plus que des légumes de son jardin. Malheureusement, le potager est infesté de météorites. Jodi se rend compte qu'elle perd du poids à une vitesse stupéfiante et sûre d'elle à nouveau, propose à Pete de l'accompagner à l'anniversaire de Lana. Mais l'adolescente est très vite victime de terribles crampes d'estomac et se met à dévorer animaux comme êtres humains. Whitney étant absent pour l'anniversaire de Lana, Clark propose à l'adolescente de lui servir de cavalier.

   La classe de Clark et de ses amis vient visiter l'usine Luthor dont le chef de projet n'est autre que le père de Chloé. Mais alors qu'ils sont dans les locaux, ils sont pris en otage par Earl Jenkins, un ami des Kent, ancien employé de l'usine qui affirme avoir été contaminé par un produit mystérieux, traité dans un sous-sol secret appelé niveau - 3, et qui lui cause aujourd'hui de terribles troubles.

   Lors d'une soirée à Métropolis, Clark utilise ses pouvoirs pour arrêter un bus devenu incontrôlable. Son sauvetage est aperçu par un policier corrompu, Sam Phelan, qui décide de le faire chanter. Il ne dira rien de son secret si Clark utilise ses pouvoirs pour commettre des actes illégaux. De son côté Lex retrouve une ancienne amie, Victoria Hardwicke, tandis que Chloé est renvoyée du journal et remplacée par Lana.

   A Smallville, quelqu'un semble posséder le don d'invisibilité. Au manoir, Lex et Victoria, redevenus très intimes, sont les victimes d'attaques mystérieuses et invisibles. Très vite, les soupçons se portent sur Amy, la fille de la domestique, qui voue un véritable culte à Lex. De son côté Clark devient de plus en plus proche de Lana, mais il finit par apprendre quelque chose qui va encore les séparer.

   Bob Rickman, un redoutable homme d'affaires, est capable de modifier la volonté des gens à son gré, en leur serrant simplement la main. N'écoutant que sa soif de pouvoir, il se rend chez les Kent et persuade Jonathan de vendre son domaine pour y faire construire l'une de ses prochaines industries. Il va sans dire que Clark ne se laissera pas aussi facilement abuser. Il devra également régler les problèmes qu'il a avec Lana car celle-ci lui en veut à cause d'une altercation qu'il a eu avec Whitney.

   En tentant de sauver Eric, l'un de ses camarades de classe, Clark est frappé de plein fouet par la foudre. Il découvre par la suite que ses pouvoirs ont disparu. Trop heureux d'être un adolescent comme les autres, il ne s'aperçoit pas immédiatement qu'Eric, lui, est entré en possession de ses pouvoirs et qu'il devient très vite incontrôlable. De son côté, Lex pense avoir la preuve que Clark a des pouvoirs.

   Pendant que Clark et Chloe font une interview de Lex au manoir, trois cambrioleurs apparaissent comme par magie à l'intéreur du château. Alors que Clark se bat avec l'un d'eux, Chloe est violemment projetée par une des fenêtres. Inconsciente et gravement blessée, elle est conduite à l'hôpital. Clark décide de mener une enquête. Il retrouve la piste des malfrats en suivant Whitney qui, s'est laissé enrôler après avoir reçu une mauvaise nouvelle.

   Lex est très surpris lorsqu'il apprend que Jude Royce, un homme qu'il croyait mort depuis trois ans, est arrivé à Smallville. Celui-ci est venu se venger et connaître les circonstances exactes d'une mésaventure qu'il a eu avec le fils Luthor. Clark va tout faire pour aider son ami, mais il devra également surveiller Chloé qui, pour un devoir, cherche absolument à tout connaître de Clark, et commence à poser trop de questions.

   James Beales, pour se venger d'avoir été renvoyé par Lionel Luthor, vole une mystérieuse plante appelé Nicodemus. A la suite d'un accident de voiture, la plante est ejecté et James est contaminé. Peu après Jonathan devient macho, Lana drague Clark et Pete essaye de tuer Lex: ils sont contaminés eux aussi. Clark, qui lui n'a pas changé, doit absolument trouver un remède car après avoir fait changer les comportements, la plante entraîne la mort.

   Martha renverse accidentellement un jeune garçon prénommé Ryan. Feignant l'amnésie pour échapper à ses beaux-parents qui utilisent sa faculté de lire dans les pensées à des fins criminelles, Ryan est recueilli par les Kent. Un lien spécial se crée entre lui et Clark et il ne tarde pas à découvrir le secret de son nouvel ami mais également celui de Lex. Celui-ci se voit offrir par son père l'opportunité de retourner à Metropolis.

   Clark doit stopper un homme infecté par la kryptonite qui cherche à soulager la douleur des personnes âgées et des malades en les transformant en cendres - et le père mal en point de Whitney pourrait être sa prochaine victime. Pendant ce temps, Lex est en colère contre son père qui a envoyé quelqu'un pour surveiller les comptes de la LuthorCorp.

   Clark voit en l'élection du "président de classe" une occasion d'être "un ado normal". Il décide de s'inscrire mais quand ses concurrents sont attaqués un à un par un essaim d' abeilles, Clark suspecte que l'un des candidats veut éliminer tous les autres, et qu'il est le prochain sur la liste.

   Clark fait face à un ennemi inattendu en la personne d'un artiste de retour à l'école après avoir eu un grave accident qui lui a fait perdre l'usage de ses mains mais qui lui a donné le don de télékinesie. Il cherche vite à se venger de ceux qu'il juge responsable. Pendant ce temps, Lana devient jalouse après qu'elle ait vu Clark avec Chloe et elle commence à remettre en cause sa relation avec Whitney.

   Clark et Lana mènent une course contre la montre pour retrouver Chloe qui a été enlevée. Après avoir été victime d'une explosion Lana découvre qu'elle "voit" à travers les yeux du kidnappeur et elle observe Chloe être enterrée vivante. Pendant ce temps, Lex découvre la preuve évidente qu'un vaisseau spatial a débarqué à Smallville pendant la pluie de météorites.

   Alors qu'une tornade approche de Smallville, Clark découvre le morceau manquant du vaisseau spatial. Pendant ce temps, Lex est trahi par son père qui décide de fermer l'usine et de ramener son fils à Metropolis. De son côté, le journaliste Roger Nixon découvre les pouvoirs et le vaisseau spatial de Clark.