Après le départ de Tess, Max promet à Liz d'oublier son passé extraterrestre, son fils, sa destinée. Mais il a une vision de son fils et décide,avec l'aide Liz de le chercher. Max découvre l'éxistence d'un vaissaux spatial caché dans les caves d'une épicerie. Max et Liz volent la clé qui est un diamant de la collection de Mme Dolores Browning. Ensuite, ils braquent l'épicerie, et Max reussi à voir le vaisseau briller. Ils se font attraper par la police et sont emmenés au commisariat, Mr Evans devient leur avocat. Il reussi à les faire sortir apres quelques contre-temps. Les parents de Liz lui interdisent de revoir Max. Ce dernier retourne à l'épicerie et le vaisseau a disparus. Pendant ce temps on apprend que Isabel a une relation avec un certain Jess Ramirez et Maria et Michael n'apparaissent pas beaucoup.

   Cet épisode est centré sur Michael. On voit qu'il a trouvé du travail en tant que gardien dans une usine de produit chimiques. Il se lie d'amitié avec ses collègues qui sont plutôt du genre à rigoler pendant les heures de travail. Michael, un jour, vole un carton de canettes de Snappe, et le patron décide de tous les renvoyer en prétextant qu'ils ne font pas correctement leur travail. Grace a Michael et ses pouvoirs tout le monde retrouve son poste. Pendant ce temps, Kyle surprend Jesse et Isabel, mais promet de garder le secret. Le shérrif Valenti (qui ne l'est plus) se trouve une vocation de chanteur, et il chante maintenant dans le groupe "Jim Valenti et les Kit Shickers" . Liz et Max continuent à se voir en secret jusqu'a ce que Mr Parker menace d'envoyer Liz dans un pensionnat pour filles.

   Isabel reçoit le visite du fantôme d'Alex, qui lui donne des conseils sur sa vie amoureuse. Isabel hésite en effet à poursuivre sa relation secrete avec Jesse. Quand celui ci la demande en mariage, elle préfère rompre de peur qu'il perde la vie comme tous les autres garçons qu'elle a aimé. Pourtant, sur les conseils d'Alex, elle revient sur sa décision, et ce malgré l'opposition de Max et Michael. Quant à Liz, elle refuse d'obéir à ses parents et continue de voir Max en cachette.

   Max se rend à Hollywood pour enquéter sur un meurtre commis selon lui par un alien. Sur place, il constate que le suspect est un des plus gros producteurs de la ville, un dénommé Karl Langley. Pendant ce temps à Roswell, Isabel révèle à sa famille sa relation avec Jesse et leur futur mariage.

   Max découvre que Karl Langley est bien un alien. Il se trouvait dans le vaisseau lors du crash de 1947 à Roswell. Bien qu'il ne souhaite pas aider Max, il ne peut pas désobéir aux ordres de son roi et accepte à contre-coeur ses directives. Ensembles, ils se rendent sur une base militaire afin de s'emparer du vaisseau spatial qui s'y trouve. Max espère ainsi rejoindre son fils. Mais l'appareil est en trop mauvais état et Max pert toute chance de quitter la terre. Par ailleurs, Michael reproche à Isabel de se précipiter dans un mariage sans avenir.

   A l'aube de son mariage, Isabel est hantée par des rêves dans lesquels elle voit son ancien amant, Khivar, l'alien pour qui elle avait trahi sa famille lorsqu'elle s'appelait Vilandra. Dans ses songes, il tente de la convaincre de ne pas se marier. De leur côté, Max et Michael enquêtent sur Jesse afin de s'assurer qu'il n'est ni un extraterrestre, ni un agent du gouvernement. Mais leurs recherches ne donnent rien et Max finit par accepter d'être le temoin de Jesse. Le jour du mariage, Isabel oublie ses craintes pour s'unir à l'homme qu'elle aime. Mais à l'issue de la cérémonie, Khivar apparaît et porte un toast à son bonheur.

   Au cours de sa lune de miel avec Jesse, Isabel est poursuivie par Khivar qui tente de la séduire à nouveau. Max et Michael, avertis par Kyle de l aprésence de l'alien, décident de l ajoindre afin d'éliminer le traitre. Mais Liz découvre que Khivar se sert du corps d'un humain innocent pour convaincre Isabel de rentrer sur la planète antar. La jeune femme ne peut cacher son attirance pour Khivar et les entiments qu'elle éprouvait en tant que Vilandra refont surface. Cepandant, grace à la présence de Max, Michael et surtout Jesse, elle trouve la force de repousser Khivar dont l'esprit repart sur Antar. Parrallèlement, Liz et Maria découvrent que le pere de Max fait une enquête sur son fils.

   Max et Isabel tentent de stopper l'enquête de leur père, qui a engager un detective privé pour élucider le disparition de Tess. Isabel souhaite dire la vérité à ses parents, mais Max lui ordonne de garder le secret? Quant à Maria, elle fait le point sur sa vie apres avoir rencontré Billy, son ancien petit ami devenu musicien. Elle décide alors de se lancer sérieusement danhs une carrière de chanteuse et rompt avec Michael.

   On voit nos héros à la période des fêtes: Max croit entendre son fils par l'intermédiaire de Samuel , un enfant autiste, mais il finit pas se rendre compte qu'il s'est fait des idées pour rien. Cepandant il reussi à faire comprendre aux parents à quel point Samuel les aime. Isabel veut que tout soit parfait pour ce premier noel avec jesse mais elle se rend compte que la seul eprésence de son mari suffit. Michael essaye de réconquérir Maria en se déguisant en Pere Noël.

   Le soir du Reveillon, les aliens et leurs amis cherchent à découvrir l'emplacement d'une rave party organisée dans un endroit tenu secret. Finalement Max et Maria sont les seuls à trouver la fête. Pendant ce temps, Liz se rapproche de son père qui l'a contrainte à l'aider à organiser une soirée pour les personnes agées. Michael abandonné par Maria, se saoule et finit dans la chambre de Liz. Isabel et Kyle se rendent, quant à eux à une fête étudiante. En rentrant chez lui, Jesse a la surprise de les trouver endormis dans les bras l'un de l'autre dans le canapé du salon!

   Suite à la visite d'un ami de Jesse journaliste, Isabel se met à imaginer sa vie si son mari savait la vérité. Son rêve éveillé prend les allures d'une série des années 50: "Jai épouser une estraterrestre" (une sitcom inventée semblable à "ma sorciere bien aimée") Jesse finit par faire partir son ami qui est devenu trop curieux....

   Liz est terrifié quand elle découvre qu'elle a des pouvoirs extraterrestres. Ces pouvoirs, qui sont parfois très violents et qui lui pourrissent la vie ne se manifestent que en présence de Max. Liz préfère partir dans un pensionnat loin de Roswell, bien qu'elle aime Max. Maria quand à elle prend la décision de se rendre à New York pour enregistrer une maquette car elle a été repéré par un agent.

   Max et ses amis tombent dans le piège d'un milliardaire atteint d'une maladie incurable et de sa femme. Ces derniers forcent Max à utiliser son pouvoir de guérison sur le vieil homme. Mais dans l'opération Max perd la vie. Seul son esprit demeure dans le corps rajeunit du vieillard qui a pris l'apparence de Max.

   Pour tuer l'esprit de Max, celui qui a son appparence doit tuer Liz. Il essaye mais echout car a la vue de Liz, Max reprend de la force et finit par se debarraser de l'esprit du vieillard. Michael refuse d'emmener Isabel à l'hôpital alors qu'elle est gravement bléssée ce qui éveille les soupsons de Jesse.

   Vu que Max est mort, Michael devient le nouveau roi avec tous les pouvoirs qui vont avec. Il devient tres agréssif et veut éliminer toutes le menaces y compris Jesse. Mais Max remet de l'ordre dans tout cela et reprend sa place de roi.

   Un vaisseau spatial s'écrase à Roswell. Isabel est filmée par sa mère pendant qu'elle utilise ses pouvoirs.

   Tess débarque avec son fils :il n'a pas été accepté sur Antar car il est 100 % humain. L'éxecution de Tess est soumise au vote et le vote de Liz lui permet de rester en vie, elle choisit cependant de se suicider en fesant exploser la base militaire. C'est curieusement avec Liz qu'elle passe ses derniers instants et elle finit par lui dire que Max l'a toujours aimé même lorqu'il était avec elle (Tess). Max et Isabel racontent tout à leurs parents car le FBI les cherche et pour qu'il soit en sécurité, Max décide de fgaire adopter son fils.

   Grace à son nouveau pouvoir, Liz voit dans l'avenir et dé couvre qu'ils vont tous mourrir assasiner. Ils décident donc de quitter Roswell apres la graduation. Michael décide de partir tout de suite apres avoir assuré à Maria qu'il l'aimait. Mais leurs ennemis prévoient leurs morts pour le jour même de la graduation. Heuresement, Michael revient et fait diversion pendant un grand discours de Max qui clos en beauté toute la morale de la série, ce qui permet à nos amis de s'enfuir. Isabel refuse que Jesse l'accompagne car elle craint pour sa sécurité. Max et Liz se marient et Liz envoie son journal intime à ses parents.