L'agent spécial Seeley Booth fait appel au docteur Temperence Brennan. Cette dernière revient d'un voyage de 2 mois au Guatemala. En effet, des restes humains ont été retrouvés dans un bassin du cimetière d'Arlington.

   Brennan et Booth se rendent dans un lycée privé. Dans le parc, le corps d'un adolescent est repéré pendu à un arbre. Après les premières analyses, le garçon serait mort depuis 10 à 14 jours auparavant.

   Booth et Brennan se rendent sur les lieux d'un drame. Une voiture a explosée à Washington devant un café et a fait plusieurs victimes. Ils se demandent s'il s'agit d'une attaque terroriste ou d'un accident? Cependant les premières analyses de la victime montrent qu'il souffrait d'une maladie génétique.

   Un homme condamné à mort doit être exécuté dans 22 heures. Brennan et Booth reprennent l'enquête à la demande de l'avocate. Un doute subsiste, est-il vraiment coupable?

   Lors de l'autopsie d'un ours noir, un bras est retrouvé dans l'estomac de ce dernier. Brennan se résout à élucider ce mystère à contrecoeur, forcée par son patron. Toutefois, Brennan réalise que le bras a été sectionné à l'aide d'une scie.

   Le corps d'un jeune enfant est retrouvé. Il s'agit de Charlie Sanders et d'après Brennan il est âgé de 6 à 10 ans et a été sexuellement abusé. Brennan et Booth mène l'enquête ...

   Brennan et Angela sortent en boite. Brennan donne un coup de pied à quelqu'un qui se retrouve projeté contre le mur. Grâce à ce coup de pied, le corps d'un homme momifié et une cachette d'amphétamines est découverte. Booth et Brennan mène l'enquête ...

   Un ancien professeur de Brennan lui offre un cadeau, c'est un frigo contenant le corps d'une femme en état de décomposition. Brennan devra témoignée au procès mais cela va mal se passer pour elle.

   Booth amène un squelette au Dr Brennan. Zack libère, en analysant le corps une toxine qui paralyse l'Institut. Ainsi Brennan, Booth, Angela, Zack, Hodgins et Goodman doivent rester en quarantaine en attendant de savoir qu'il n'y a aucun danger. A deux jours de Noël, tout le monde se demande comment va se passer le leur?

   Dans une voiture incendiée, le corps d'une femme est retrouvé et son enfant est introuvable. Booth pense au père mais il fait fausse route et décide de mettre toute l'équipe à contribution sur cette enquête pour retrouver l'enfant le plus rapidement possible.

   Goodman demande à Brennan de mener l'enquête avec Booth concernant des morceaux de corps de jeune femme qui ont été retrouvés dans un aéroport.

   Le corps d'une femme est découvert dans un tunnel. Elle réalisait un reportage sur les gens vivant à l'écart de la civilisation. Booth et Bones enquêtent lorsqu'ils découvrent qu'elle a été tuée avant d'être jetée dans le tunnel.

   Dans une allée, en costume de super-héros, un jeune homme est retrouvé mort. Booth suspecte ses copains de jeu de rôle.

   Booth et Brennan sur le point d'arrêter un homme d'origine latino-américaine se font surprendre par l'arrivée du gang de celui-ci et le laisse s'échapper. Dans un premier temps, il découvre dans la voiture du jeune homme, un corps de jeune fille. Dans un deuxième temps, il retrouve le jardin dans lequel était enterré le corps et qu'il y en avait un second. Une enquête démarre alors pour le duo dans le quartier salvadorien de Washington, avec ses réfugiés et ses gangs.

   Un avion s'écrase avec officiellement cinq personnes à son bord. Mais Brennan découvre un sixième corps calciné, ainsi que des os provenant d'une personne n'étant pas dans l'avion, et qui est sur les lieux depuis quelques années. Goodman fait pression sur l'équipe pour qu'elle identifie le passager clandestin. Bones quant à elle s'intérresse aux fragments retrouvés, et demande à Booth de résoudre l'affaire.

   Deux corps arrivent en même temps au labo. Le premier vient d'être remonté du fleuve, avec les pieds cimentés, et date de plusieurs années. Le second est un corps de jeune femme qui a été mutilé puis dévoré par des chiens. Malheureusement pour Bones, quelqu'un, lié à une des deux affaires, ne tient pas à ce qu'elle remonte la piste des assassins, et attente plusieurs fois à sa vie... mais ce n'est pas elle qui est touchée.

   Un employé d'un chantier de fouille est retrouvé noyé avec un os de doigt dans la main. Dès qu'il apprend le lieu de la fouille, Hodgins pense tout de suite à un pirate, et demande à participer à l'enquête. Il est chargé de descendre dans le puit, à une profondeur jamais atteinte encore par les explorateurs. Il découvre le squelette entier, auquel l'os appartenait. Mais lorsque le squelette est volé alors qu'il se trouvait au labo, Booth et Brennan soupçonnent une affaire d'escroquerie.

   Angela part en vacances dans le désert retrouver un photographe prénommé Kirk. Un crâne vient d'être découvert craignant que ce soit son ami, elle fait appel à Brennan et Booth pour résoudre l'enquête.

   Brennan décide de partir pour ses vacances à la Nouvelle Orléans afin d'aider à identifier les victimes du cyclone Katrina. Elle se trouve dans une salle d'autopsie, en train de discuter avec un collègue qui veut l'inviter à dîner, quand le surlendemain elle se réveille dans la salle de bain de sa chambre d'hôtel, en sang, meurtrie et sans aucun souvenir des dernières 36 heures. Elle découvre que certaines personnes du coin sont adeptes du culte Voodoo, et elle se voit accusée du meurtre de son collègue, qui est retrouvé crucifié sur le mur de sa chambre.

   Brennan, Booth et Angela rencontrent le Directeur Adjoint Cullen à l'hôpital, où sa fille s'y trouve pour un cancer suite à la greffe d'un os. Booth et Brennan mènent l'enquête pour savoir comment l'os d'un sexagénaire atteint de cancer a pu se retrouver greffé sur une jeune fille de 15 ans.

   Un cadavre calciné est découvert sur une tombe d'un militaire. Les premières expertises montrent qu'elle a été tuée avant d'être brulée, et découvrent qu'il a servit dans le même régiment que le soldat enterré. Brennan et Booth mènent l'enquête.

   Pendant que Booth presse Brennan pour se rendre à une audience, Angela reconstitue en 3D un visage. Brennan passant devant le bureau d'Angela croit reconnaitre le visage de sa mère disparue depuis 1991. Booth rouvre l'enquête qui risque de ne pas se passer comme prévue.